Качество рыбы и рыбных продуктов контролируют органолептическим и лабораторными методами. Живую здоровую рыбу исследуют только органолептически. При необходимости живую, а также снулую (парную) рыбу подвергают лабораторным исследованиям.
Органолептическое исследование. Определяют внешний вид и упитанность рыбы, состояние слизи, чешуи, наружного покрова, глаз, брюшка, анального отверстия, цвет жабр, запах с поверхности тушки и из глубины мышц. При необходимости неразделанную рыбу вскрывают и исследуют внутренние органы, проводят пробу варкой.
При исследовании готовой к употреблению рыбы (соленой, копченой, сушеной, вяленой) определяют также и вкус. 


В связи с тем что органолептический способ является чисто субъективным, точность оценки рыбной продукции во многом зависит от физиологического и психологического состояния исследователя, его индивидуальных привычек, предубеждений, специальной Подготовки, а также условий, способов оценки и целого ряда других факторов.
Однако если органолептический анализ проводится на высоком профессиональном уровне, систематически, подготовленными лицами, в соответствии с требованиями современной методики, то его результаты достаточно объективны.
На основании совокупности данных исследования делается заключение по оцениваемому образцу и партии рыбы в целом. Если оно положительно, то это не означает, что по другим показателям при лабораторном исследовании будут получены такие же результаты. Однако при отрицательной органолептической оценке рыбы (рыба явно недоброкачественная) дальнейшие исследования не проводят.
Лабораторные исследования. При возникновении сомнения в доброкачественности свежей и консервированной рыбы всех видов (ГОСТ 1368—55) и для уточнения органолептических данных проводят лабораторные исследования по методикам, изложенным в действующих стандартах, инструкциях, методических рекомендациях, и по способам, изложенным в разделах 3 и 4 справочника.
В лаборатории проводят бактериоскопию, определяют уровень сероводорода с подогреванием пробы и концентрацию водородных ионов (pH), содержание аминоаммиачного азота и продуктов первичного распада белков в бульоне (реакция с сернокислой медью), ставят реакцию на пероксидазу и редуктазную пробу, проводят люминесцентный анализ.
Для характеристики пищевых и кормовых достоинств рыбы в необходимых случаях дополнительно определяют химический состав, биологическую ценность (безвредность, питательность), токсические вещества, их видовую принадлежность и количество, содержание радиоактивных веществ, наличие и вид антибиотиков, видовую принадлежность микроорганизмов, содержание влаги и соли. В малооборудованных лабораториях для оценки доброкачественности рыбы ограничиваются бактериоскопией мазков-отпечатков, Реакцией на пероксидазу или редуктазу, определением сероводорода, pH и безвредности рыбы.

Отбор проб для лабораторного анализа. 
Из разных мест не менее чем из 5 % партии парной рыбы или упаковок с консервированной рыбой (ящиков, бочек, мешков 
т. д.) отбирают несколько экземпляров рыб, наиболее характерных для всей партии упаковки, в количестве: при массе одной рыбы до 100 г - 5-7 шт., до 1 кг — 2 пробы по 100 г от 2 рыб, до 3 кг — 2 пробы по 150 г от 1—2 рыб, свыше 3 кг — от 2 рыб отдельные куски шириной 5 см от головной и спинной части общей массой не более 500 г из каждой партии или упаковки. Оставшуюся часть проб после исследования владельцу не возвращают, а направляют на утилизацию или уничтожают.

Бактериологические исследования (ГОСТ 5215—50, ГОСТ 7269—54, ГОСТ 2874—73
Основная цель микробиологического анализа рыбы и рыбных продуктов — охрана здоровья потребителя. К микробиологическим критериям относятся: наличие и количество общей микрофлоры; действительное содержание патогенных микробов и токсинов; возможное их наличие; способность рыбы и рыбных продуктов к длительному хранению.
Бактериологически исследуют пробы, отобранные для анализа во всех случаях массовой гибели рыбы, независимо от причины: при экспертизе рыбы, больной заразными и незаразными болезнями, с сомнительными органолептическими показателями; при осмотре снулой свежей рыбы, хранившейся более 6 ч при температуре +18..+20 С, выловленной из загрязненных водоемов, а также травмированной, мятой, с нарушениями целостности кожи; при наличии сомнений в отношении доброкачественности консервированной рыбы и невозможности определить пригодность ее в пищу путем ветеринарно-санитарного осмотра.
Примечание. Загрязненными называются водоемы, куда попадают неочищенные бытовые, промышленные, животноводческие сточные воды, ядохимикаты и удобрения.
Отобранные для анализа экземпляры живой рыбы доставляют в лабораторию в молочных бидонах или в других емкостях, заполненных на 3/4 объема водой из того же водоема, откуда взята рыба, или из артезианской скважины. Летом при длительной транспортировке воду с рыбой постепенно охлаждают до +12...+15 С, добавляя мелкие кусочки льда.
Если нет возможности доставлять живую рыбу, то отбирают пробы мышечной ткани согласно ГОСТ 5215—50, помещают их в стерильную стеклянную посуду, закрывают пробкой, заливают парафином и направляют с нарочным в лабораторию.
Летом бактериологически рыбу исследуют не позднее чем через 2 ч после отбора проб. В исключительных случаях делают бактериологические посевы на МПБ и МПА в лаборатории рыбхоза.
При исследовании определяют количество микробов в поле зрения микроскопа методом бактериоскопии и общее количество микрофлоры в 1 г пробы. В необходимых случаях определяют видовую принадлежность микроорганизмов.
Санитарно-бактериологические исследования с подсчетом количества микробов в 1 г мяса рыб осуществляют по ГОСТ 2874—73. Общее число бактерий — показатель фекального загрязнения (группа кишечной палочки) — определяют по ГОСТ 5216—50. Видовую принадлежность микроорганизмов устанавливают по существующим методикам бактериологического исследования, а также люминесцентно-серологическим методом идентификации клостридий ботулинум и перфрингенс, а клостридий перфрингенс - реакцией гемолиза.

Бактериоскопия. 
На предметных стеклах делают два мазка-отпечатка: один — из поверхностных слоев мышц, расположенных под кожей, другой — из мышечной ткани глубоких слоев мышц, находящихся около позвоночника. Приготовленные препараты красят по Граму. Под микроскопом подсчитывают среднее количество микроорганизмов в одном поле зрения.
Рыба свежая — в нескольких полях зрения микробы отсутствуют или обнаруживают единичные кокки и палочки в мазках из поверхностных слоев мышц. Препарат плохо окрашен, на стекле незаметно остатков распавшейся ткани.
Рыба сомнительной свежести - в мазках из глубоких слоев мышц 10-20, а в мазках из поверхностных — 30-50 микробов в одном поле зрения (кокки, бактерии) Препарат окрашен удовлетворительно, на стекле ясно заметны распавшиеся волокна мышечной ткани.
Рыба несвежая - в мазках из глубоких слоев мышц 30-40, а в мазках из поверхностных — 80—100 микробов и более одном поле зрения (преимущественно палочковидных). Препарат хорошо окрашен, на стекле много распавшейся мышечной ткани.
Реакция на пероксидазу (бензидиновая проба).В бактериологическую пробирку вносят 2 мл водной вытяжки (1:100) из жаберной ткани (по Полуэктову) и добавляют 5 капель 0,2%-ного спиртового раствора бензидина. Содержимое пробирки встряхивают, после чего вносят 2 капли 1%-ного раствора перекиси водорода. У свежей  рыбы вытяжка окрашивается в синий цвет переходящий в течение 1-2 минут в коричневый, у рыб сомнительной свежести она менее интенсивно окрашена и значительно позже становится коричневой (через 2-4 минуты), а у несвежей рыбы сразу окрашивается в коричневый цвет (отрицательная реакция на пероксидазу).
Редуктазная проба. В бактериологическую пробирку вносят 5г фарша из мяса рыбы, заливают двойным количеством дистиллированной воды, встряхивают и оставляют на 30 минут. Затем приливают 1мл 0.1%-ного водного раствора метиленовой сини, пробирку энергично встряхивают для равномерной окраски фарша, заливают слоем вазелинового масла толщиной 0.5-1 см. Смесь помещают в термостат при + 37 С и периодически наблюдают за обесцвечиванием экстракта. Чем быстрее обесцвечивается вытяжка из рыбы, к которой добавлен метиленовый голубой, тем больше содержится в ней фермента редуктазы (дегидразы), а следовательно, больше продуцирующих его микроорганизмов.

Оценка результатов

Время обесцвечивания Количество микробов в 1г мяса Санитарная оценка рыбы
До 40 минут  106 степени и выше Недоброкачественная
40 мин. - 2.5 часа 10 -  105 Сомнительной свежести
2.5 - 5 часов или не обесцвечивается До 103 Свежая

     Примечание: при учете результатов реакции сохранение синего кольца под слоем вазелинового масла в расчет не принимают.